하지만 초기의 왕권은 강력한 호족과 개국공신이 있었기 때문에, 945년(혜종 2) 왕규(王規)의 반란,왕식렴(王式廉)의 군대를 이용한 정종의 즉위와 서경(西京)천도 추진등 왕권이 불안정하였다. 그리하여 뒤를 이은 광종은 강력한 왕권확립을 위해 과거제도의 채용과 노비안검법(奴婢按檢法) 실시, 공복(公服) 제정. 독자적인 연호의 사용, 훈신 숙청을 통하여 과감한 중앙집권정책을 추진했다. 성종은 유학을 정치이념으로 활용하여 내외의 정치제도를 정비하고 향직을 개편하여 호족의 지위를 격하했다. 성종부터 현종에 이르는 사이 거란의 침입이 있었으나, 이를 격퇴하고 국가체제를 정비해나갔다. 현종대에는 군현제도와 군사제도의 골격을 마련했으며, 문종대에는 국가 통치체제의 정비를 마무리 지어 숙종·예종·인종대까지 전성기를 맞이했다.

1170년 정중부(鄭仲夫) 등이 주도한 무인란은 무반에 대한 차별과 군인의 불만이 원인이 되어 고려사회를 새로운 국면으로 전환시켰고(정중부의 난), 권력을 장악한 무인들은 집권 문신들을 대거 숙청·살해하고, 왕의 폐립을 마음대로 했다. 정중부·경대승(慶大升)·이의민(李義旼)에 이어 집권한 최충헌(崔忠獻)은 과감한 전제정치로 정권을 안정시켜, 이후 4대 60년간의 최씨집정시대를 열었다. 무인정권기에 왕은 유명무실해지고, 집권무인이 정방(政房)·도방(都房)·교정도감(敎定都監)과 같은 기구를 통해 모든 권력을 행사하고, 경제기반으로 대토지를 소유하여 사회경제적 모순을 격화시켰다.

1231년 몽골군의 침입으로 무인정권은 수도를 강화도로 옮겨 항쟁하였지만, 6차례 침입으로 전국토는 황폐해지고 국고는 고갈되었다. 그러나 집권층은 계속하여 사치스러운 생활을 하며, 부처의 힘에 의지하여 몽골군을 물리치려고 대장경을 간행했다. 농민에 대한 수탈도 가혹해져 농민의 반발을 샀고, 일부는 몽골에 투항하기도 했다. 1258년 최의(崔)가 김준(金俊)·임연(林衍) 등에 의해 제거되고 왕과 문신들에 의해 몽골과 화의가 이루어져 환도하는 과정에서 무인정권은 임유무(林惟茂)를 마지막으로 붕괴되었다. 그리하여 고려는 왕정을 복고했지만, 원(元)의 간섭을 받게 되어 자주성을 크게 제약당했다.

원에 의한 공물 수탈과 일본정복 과정에서의 가혹한 수취, 원을 오가는 데 사용하는 비용의 마련, 원이 설치한 응방(鷹坊) 등의 각종 기관과 권문세족의 농장 확대 등으로 고려사회는 국가재정이 궁핍해지고 농민은 몰락하는 이중의 모순에 처했다. 심각해진 사회경제적 모순을 극복하려는 시도가 충선왕·충목왕을 중심으로 신진관료들에 의해 추진되었으나, 원의 간섭이라는 기본제약과 집권세족의 이해관계 때문에 성공하지 못했다.

14세기 후반 내외의 모순이 중첩되어 있었던 고려의 현실은 공민왕의 반원개혁정책으로 해결의 계기를 마련했다. 원나라와 명나라가 교체되는 대륙정세의 변동을 이용하여 공민왕은 원나라 배척운동을 일으키고, 변발·몽고식 의복 등의 몽고풍속을 폐지하였으며, 몽고의 연호·관제를 폐지하여 문종 때의 제도를 복구하는 한편, 내정을 간섭하던 원나라의 정동행성이문소(征東行省理問所)를 폐지하고, 원나라의 황실과 인척관계를 맺고 권세를 부리던 기철일파를 숙청하였으며, 100년간이나 존속해온 쌍성총관부(雙城摠管府)를 폐지하고 원나라에게 빼앗겼던 영토를 회복하였다. 또한 신돈(辛旽)을 등용하고 전민변정사업(田民辨整事業)을 전개하여 귀족들이 겸병한 토지를 원래의 소유자에게 환원시키는 한편, 불법으로 노비가 된 사람을 해방시키는 등의 개혁정치를 베풀었다. 그러나 노국공주가 죽자 공민왕은 실의에 빠져, 모든 국사를 신돈에게 맡기고 불공에만 전심하였고, 추진세력의 미약함과 권문세족의 반대 그리고 계속된 왜적과 홍건적(紅巾賊)의 침입으로 사회경제 기반이 파괴되어 개혁은 성공하지 못하였다. 더욱이 신돈에게 의지하던 공민왕은 주위의 이간질과 신돈의 권력확장에 위협을 느껴 신돈을 처형하였고, 그 후 공민왕마저도 살해되었다. 그러나 성리학을 기반으로 하여 집요하게 사회모순의 개혁을 요구하는 신진사대부, 반원(反元)전쟁과 왜구·홍건적과의 전쟁을 통해 성장한 무장이 정치세력으로 결집하는 중요한 변화가 일어났다.

공민왕 이후 다시 권력을 장악한 권문세족과 개혁세력 간의 갈등이 심해지다가, 1388년 이성계(李成桂)가 위화도(威化島)에서 회군하여 정권을 장악함으로써 대세는 개혁파에게 돌아갔다. 이성계는 공양왕을 세우고, 사회모순의 척결을 주장해 온 정도전(鄭道傳)·조준(趙浚) 등 신흥사대부들과 연결하여 과전법(科田法)을 제정함으로써 사전(私田)의 폐단을 극복하는 동시에 새로운 국가의 경제적 토대를 마련하고, 개혁론자들이 이성계를 추대하여 왕위에 오르게 하자 고려는 멸망했다.