주지훈은 화제의 드라마 MBC '궁'의 주인공 황태자 신 역을 맡아 혜성처럼 등장했다. 방송 초반 미스 캐스팅이라는 논란에도 불구하고 꾸준히 자신만의 캐릭터를 유지하며 비난이 아닌 관심의 대상으로 떠올랐다.

주지훈은 동갑내기 스타 이준기와 함께 몇 주째 인터넷 검색어 순위 1, 2위를 나란히 기록하며 2006년 벽두부터 세찬 인기몰이를 하고 있다. 하지만 정작 본인은 처음으로 찾아온 이런 인기에 기쁨보다는 우려의 마음이 앞선다고 한다.

"촬영 일정에 쫓겨 영화나 다른 드라마도 거의 못보고 인터넷을 사용할 시간도 거의 없다. 그 분(이준기)의 인기는 대단하다고 들었는데 그런 분과 비교된다는 게 어색하기도 하고 아직 인기를 실감하지 못하겠다"고 쑥스러운 듯 웃음을 보인 주지훈은 "단지 가끔 시청자 게시판을 볼 때 처음보다 나의 연기에 대해 비난과 우려의 목소리가 많이 줄어든 점이 가장 기쁘다"고 말했다.

또 주지훈은 비난의 글이 쇄도해 개인 홈페이지를 페쇄했다는 소문에 대해서도 해명했다.

주지훈은 "오래 전부터 홈페이지를 운영해 왔고 직접 글도 많이 올리고 받은 쪽지에 대해서도 일일이 답장을 다 해줬다. 그런데 어느날부터 쪽지 수가 늘어나기 시작했고, 바쁜 일정 때문에 답장을 일일이 다 못해주다 보니 일부에서 불만의 목소리가 있었던 것 같다"며 "오해를 없애기 위해 그냥 홈페이지를 폐쇄하기로 결정했다"고 설명했다.

현재 8회까지 방송된 '궁'은 20%에 가까운 시청률로 높은 관심을 받고 있으며, 황태자비 채경(윤은혜)에게 차갑게만 한 황태자 신이 조금씩 마음을 열기 시작하면서 더욱 흥미를 더하고 있다.